Satavesi-ohjelman ohjausryhmässä ovat edustettuina seuraavat tahot: Varsinais-Suomen ELY-keskus, Satakunnan ELY-keskus, Satakuntaliitto, Pro Agria, Pyhäjärvi-instituutti, Merenkulkualan tutkimus- ja koulutuskeskus (MKK) sekä ohjelmatoiminnan vesistöalueryhmien puheenjohtajat.

Vesistöalueryhminä toimivat Karvianjoki-ryhmä, Kokemäenjoki-ryhmä ja Eurajoki-Lapinjoki-ryhmä. Selkämeren rannikon vesienhoitoa käsitellään tällä ohjelmakaudella em. jokialueryhmissä. Satakunnassa ja Varsinais-Suomessa toimii maakuntien yhteinen pohjavesiryhmä, jonka kanssa tehdään yhteistyötä. Mahdollisten muiden teemaryhmien toiminnasta päätetään ohjausryhmässä.