Kommunen kan ersättas för särskilda kostnader för mottagandet av flyktningar. Kostnader som uppstått av särskilda orsaker gäller verksamhet som stöder flyktingarnas integration och är oftast stora och oförutsägbara kostnader (t.ex. social- och hälsovårdskostnader).

NTM-centralen ingår ett avtal med kommunen om ersättning av särskilda kostnader för mottagande av flyktingar och kommunen kan med stöd av avtalet ansöka om ersättning för kostnaderna av staten.