Pohjois-Savon ELY-keskus hoitaa Pohjois-Savon ympäristökeskukselle aiemmin kuuluneet vesivarojen käyttö- ja hoitotehtävät.
Pohjois-Savon elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus neuvoo, ohjaa ja tukee vesistöjen kunnostuksen ja hoidon suunnittelua ja toteutusta. Kunnostuksiin se osallistuu yleensä yhteistyökumppanina. Se valvoo ja antaa asiantuntija-apua ja lausuntoja vesirakentamista koskevissa asioissa. Ympäristönkunnostushankkeet toteutetaan yleensä yhteistyössä kuntien tai muiden viranomaisten kanssa. Vesirakentamishankkeiden luvan tarve varmistetaan aina ennen hankkeen käynnistämistä.
ELY-keskus edistää vedenhankintaa ja -jakelua, viemäröintiä ja jätevesien käsittelyä antamalla asiantuntijaohjausta ja osallistumalla vesihuollon suunnitteluun yhteistyössä maakuntien liittojen, kuntien ja vesihuoltolaitosten kanssa. Se edistää vesihuoltoa myös myöntämällä avustuksia ja teettämällä valtion vesihuoltotöitä.
Pohjois-Savon ELY vastaa myös läpi maakunnan Kiuruvedeltä Varkauteen ulottuvan 200 kilometriä pitkän järvireitin sekä Kymijoen vesistöalueella Hirvi-, Kalliojärven ja Ahvenisen järvien säännöstelystä.
Vesistöjen tulvasuojelua ELY-keskus edistää ennalta mm. ohjaamalla kuntien maankäyttöä. Akuuteissa tulvatilanteissa ELY toimii asiantuntijana.