Pohjanmaan ELY-keskuksen toiminta-alueeseen kuuluu Pohjanmaan ja Keski-Pohjanmaan maakunnat, joidenkin palveluiden osalta myös Etelä-Pohjanmaan, Keski-Suomen ja Pirkanmaan maakunnat.
Pohjanmaan maakunnan kunnat seutukunnittain:
Vaasan seutukunta: Korsnäs, Maalahti, Mustasaari, Vaasa, Vöyri
Suupohjan rannikkoseudun seutukunta: Kaskinen, Kristiinankaupunki, Närpiö
Kyrönmaan seutukunta: Isokyrö, Laihia, Vähäkyrö
Pietarsaaren seutukunta: Kruunupyy, Luoto, Pedersöre, Pietarsaari, Uusikaarlepyy
Keski-Pohjanmaan maakunnan kunnat seutukunnittain:
Kokkolan seutukunta: Kannus, Kokkola
Kaustisen seutukunta: Halsua, Kaustinen, Lestijärvi, Perho, Toholampi, Veteli